ในอดีตการขนถ่ายและจำหน่ายสินค้าสัตว์น้ำเค็มของจังหวัดพระนครหรือกรุงเทพมหานครในปัจจุบัน มีศูนย์รวมอยู่ที่ถนนทรงวาด อำเภอสัมพันธวงศ์ การจำหน่ายสัตว์น้ำจืดมีศูนย์รวมอยู่ที่หัวลำโพง ริมคลองผดุงกรุงเกษม สถานที่ทั้งสองแห่งดังกล่าวคับแคบและสกปรก ทำให้การดำเนินธุรกิจไม่สะดวก ในปี พ.ศ. 2491 องค์การอาหารและเกษตรแห่งสหประชาชาติ (FAO) ได้ส่งคณะผู้เชี่ยวชาญมาศึกษาภาวะการประมงของประเทศไทยตามคำร้องขอรัฐบาล
ซึ่งคณะผู้เชี่ยวชาญดังกล่าวได้เสนอว่าระบบตลาดปลาที่มีอยู่เดิมยังขาดหลักการดำเนินงานทางวิชาการและขาดการสงเคราะห์ในด้านสังคมและเศรษฐกิจ สมควรที่รัฐบาลจะต้องดำเนินการแก้ไขปรับปรุงในด้านต่าง ๆ 6 ประการ ดังนี้
1. บริการเกี่ยวกับการขนส่งสัตว์น้ำไปสู่ตลาด (การขนส่ง)
2. บริการเกี่ยวกับการเก็บสินค้าสัตว์น้ำที่สะพานปลา (ห้องเย็น)
3. การจัดระบบประมูลสินค้าสัตว์น้ำ (ตลาดกลางหรือสะพานปลา)
4. จัดองค์การให้ชาวประมงกู้ยืมเงินทุนและออมสิน (สินเชื่อการเกษตร)
5. บริการเกี่ยวกับให้สินเชื่อเครื่องมือและอุปกรณ์การ ประมง (เครื่องมือและอุปกรณ์การประมง)
6. บริการเกี่ยวกับการส่งเสริมการประมง แนะนำทางวิชาการและอื่น ๆ ตลอดจนบริการ เกี่ยวกับการเจ็บป่วย (วิชาการและสวัสดิการ)
เพื่อให้การดำเนินงานเป็นไปตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจการประมงด้านการตลาด กรมประมง กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จึงได้จัดทำโครงการเสนอรัฐบาล เมื่อรัฐบาลรับหลักการและเห็นชอบให้ดำเนินการแล้ว กรมประมงจึงได้เริ่มงานในการก่อสร้างสะพานปลาของรัฐขึ้นที่ริมฝั่งแม่น้ำเจ้าพระยา ตำบลยานนาวา อำเภอยานนาวา จังหวัดพระนคร ในปี พ.ศ.2492
ต่อมาได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติจัดระเบียบกิจการแพปลา พ.ศ. 2496 เมื่อวันที่ 21 มกราคม 2496 อันเป็นกฎหมายในการจัดตั้งองค์การสะพานปลา องค์การสะพานปลาจึงได้ถือกำเนิดตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
องค์การสะพานปลาเป็นหน่วยงานรัฐวิสาหกิจ สังกัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ จัดตั้งโดยพระราชบัญญัติจัดระเบียบกิจการแพปลา พ.ศ. 2496
และจัดอยู่ในกลุ่มเกษตรกรรมและพาณิชยกรรม โดยมีวัตถุประสงค์ ดังนี้
1. จัดดำเนินการและนำมาซึ่งความเจริญของสะพานปลา ตลาดสินค้าสัตว์น้ำและอุตสาหกรรมการประมง
2. จัดดำเนินการ หรือควบคุม และอำนวยบริการซึ่งกิจการแพปลา การขนส่ง และกิจการอื่น ๆ อันเกี่ยวกับกิจการแพปลา
3. จัดส่งเสริมฐานะ สวัสดิการ หรืออาชีพของชาวประมง และบูรณะหมู่บ้านการประมง
4. จัดส่งเสริมสหกรณ์หรือสมาคมการประมง
1. พัฒนาและบริหารจัดการสะพานปลาท่าเทียบเรือ (ตลาดสินค้าสัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ) อย่างมีมาตรฐานสุขอนามัยและเป็นธรรม
2. จัดเก็บค่าใช้บริการสะพานปลาท่าเทียบเรือ และการใช้ทรัพย์สินสะพานปลาท่าเทียบเรือ
3. สนับสนุนส่งเสริมความรู้ เทคโนโลยี และอาชีพให้แก่ชาวประมง
4. พัฒนาระบบการบริหารองค์กร และฐานะการเงินด้วยเทคโนโลยีดิจิทัล ให้มีประสิทธิภาพ